Des cartes, des plans et des maquettes accompagnent les objets retrouvés lors des fouilles archéologiques organisées sur le territoire et sont présentés sur deux niveaux, suivant un itinéraire chronologique et thématique. Ils retracent l'évolution de l'architecture funéraire, des dolmens à couloir aux allées couvertes, et la vie quotidienne de nos ancêtres (céramiques, outils en silex, haches polies, parures...).
Le Musée organise de nombreuses animations tout au long de l’année. Il propose également visites et ateliers pour les groupes, notamment pour les scolaires,complémentaires de ceux organisés par le Centre des Monuments Nationaux (CMN). Découvrez les animations du Musée de Préhistoire en vidéo
Il accueille régulièrement d’éminents chercheurs scientifiques.